Il territorio di San Marco in Lamis si estende per circa 24.000 ha. ed è in parte situato in pianura e in parte tra colline e promontorio del Gargano che comprende vette, come quella di Monte Celano, a circa 1000 metri sul livello del mare.

Il centro abitato, invece, si adagia in una conca carsica collegata con ampie vallate: quella di Stignano ad ovest e quella dello Starale ad est. 

Attraverso queste vallate i pellegrini si recavano alla grotta di San Michele Arcangelo, passando per San Giovanni Rotondo e Pantano (antico Lago di S. Egidio), lungo la strada che ancora oggi percorre la cumpagnia per recarsi a Monte Sant'Angelo. Lungo questo itinerario, che viene chiamato Via Sacra Langobardorurn, perché i Longobardi  divennero, dopo il loro insediamento nel Sud dell'Italia, devoti dell'Arcangelo con la spada che vince il demonio, sorsero altri santuari e conventi che avevano la funzione di ospitare i viandanti. 

Ecco perché su questa strata peregrinorum, a distanze ben calcolate, sorgono vari insediamenti e, tra questi, il Santuario-Convento di Santa Maria di Stignano ed il Santuario-Convento di San Matteo (che non sempre ha portato questo nome). Ed è proprio fra questi due conventi che si trova il nostro paese: San Marco in Lamis.