Per quanto riguarda i secoli del Viceregno Spagnolo si hanno poche notizie riguardanti la nostra città.
Nel Settecento, però, nel quadro generale della ripresa demografica, San Marco registra un rapido aumento della popolazione ed acquista un ruolo importante nella vita civile del Gargano, anche grazie alle sue attività economiche, tra cui si distinguono quelle artigianali.
La popolazione di San Marco è stata sempre governata dagli Abati Commendatari, che esercitavano anche la giurisdizione civile e penale. Nel 1782 la Badia fu dichiarata di regio patronato e nel 1793 con regio dispaccio San Marco fu dichiarata città, non soggetta, cioè, più alla giurisdizione del feudatario (nel nostro caso, ripetiamolo, il cardinale-abate commendatario che amministrava tramite un suo vicario e suoi funzionari).
Tra gli abati commendatari ricordiamo il cardinale Antonio Pignatelli (1615-1700), che fu papa con il nome di Innocenzo XII, ed il beato Antonio Lucci (1682-1752), vescovo di Bovino, che per alcuni mesi ha retto l'amministrazione della Badia, in sostituzione del cardinale Coscia destituito per fatti di corruzione.